Além do impacto político e eleitoral, o contingenciamento de recursos da educação azedou o relacionamento entre o ministro Victor Godoy e a direção de universidades federais. Segundo o RR apurou com dois reitores, não houve comunicação formal por parte do Ministério sobre o corte das verbas de R$ 763 milhões. As universidades federais tomaram conhecimento da suspensão dos repasses ao acessarem o Sistema Integrado de Administração Financeira (SIAFI), plataforma de registro, acompanhamento e controle da execução orçamentária do governo federal.