O MPF tem recebido uma série de denúncias de uso ilegal de agrotóxicos na Região Amazônica. Parcela expressiva dos casos se concentra em fazendas de soja no norte do Mato Grosso. O problema, no entanto, vem se alastrando por outras áreas. Recentemente, por exemplo, o Ministério Público do Acre flagrou a pulverização de agrotóxicos no Acre em uma propriedade próxima à reserva Chico Mendes.