O comitê de transição tem feito estudos em torno da transferência dos 51 hospitais universitários sob gestão federal do Ministério da Educação para a Pasta da Saúde. A proposta tem o aval dos grupos de trabalho das duas áreas. A mudança seria estendida também à Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (Ebserh), hoje pendurada no MEC – 41 dessas unidades hospitalares são vinculadas à Rede Ebserh. A principal premissa para a mudança é que esses hospitais, não obstante seu papel acadêmico, têm mais sinergia com a Saúde. Todos eles operam 100% dentro do SUS. Embora, em termos absolutos, representem somente 2% de todos os hospitais públicos do Brasil, essa rede responde por mais de 10% dos leitos e de algo em torno de 12% das internações no âmbito do Sistema Único de Saúde. Com a migração, os hospitais universitários poderiam ter acesso a verbas do SUS. 

Hoje, os recursos para custeio e parcos investimentos nessas unidades vêm quase que integralmente do Programa Nacional de Reestruturação dos Hospitais Universitários Federais (Rehuf), criado em 2010, no último ano de mandato do Lula II. O Rehuf prevê verbas de R$ 1,5 bilhão para 2023. Além da questão orçamentária, há ainda motivações de ordem administrativa para a mudança. Na avaliação dos grupos de trabalho da transição, os hospitais universitários não são exatamente uma prioridade do Ministério da Educação. Por esta linha de raciocínio, a transferência para a Saúde traria ganhos de gestão para essas unidades.